Bối cảnh

Sau sự kiện của Ground Zeroes và căn cứ của Militaires Sans Frontières (MSF) bị phá hủy, Big Boss rơi vào trạng thái hôn mê[15]. Chín năm sau, anh thức tỉnh và giúp lãnh đạo một nhóm lính đánh thuê mới, Diamond Dogs. Lấy mật danh là "Venom Snake", anh ta dấn thân vào Afghanistan trong giai đoạn Chiến tranh Liên Xô-Afghanistan nổ ra và khu vực biên giới Angola-Zaire trong cuộc Nội chiến Angola để truy tìm và trả thù những kẻ đã gây ra sự tàn phá của MSF. Trong cuôc hành trình ấy, anh gặp lại với đối thủ cũ Ocelot (người mà Snake đã từng đối đầu trong Metal Gear Solid 3) và gặp Quiet, một sát thủ và xạ thủ có khả năng siêu nhiên. Trong khi anh và Kazuhira Miller cố gắng theo đuổi trả thù, Snake phát hiện ra một âm mưu của tổ chức The Patriots nhằm phát triển một mẫu Metal Gear mới được gọi là ST-84 "Sahelanthropus"[16].

Cốt truyện chính

Năm 1984, Big Boss bây giờ gọi là Venom Snake tỉnh lại tới một bệnh viện ở Đảo Síp và nhận ra mình đã bị cụt tay, Snake đã trốn thoát được nhờ đến sự giúp đỡ của một người đàn ông băng bó khắp mình có cái tên là Ishmael và cuối cùng thì gặp được Revolver Ocelot. Revolver Ocelot giúp Big Boss phục hồi sức khỏe, trang bị cho ông một cánh tay cơ sinh học và sau đó giúp ông đột nhập vào Afghanistan giải cứu Kazuhira Miller. Sau đó thì 3 người cùng nhau thành lập một tập đoàn quân đội tư nhân mới với cái tên là Diamond Dogs đặt căn cứ ngoài bờ biển Seychelles. Diamond Dogs nhận các nhiệm vụ ở châu Phi về để chiêu mộ binh sĩ và kiếm thu nhập vừa để tìm thông tin về Skull Face và tìm thời cơ tấn công hắn ta.Snake đã giải cứu tiến sĩ Huey Emmerich khỏi tay Skull Face nhưng Miller thì lại hoài nghi Huey, vì cho rằng Huey là người đã bán đứng MFS và dẫn giặc vào nhà. Snake cũng đã đem về 1 siêu xạ thủ là Quiet, 1 cậu bé tên Eli được chọn con trai của ông từ dự Les Enfants Terribles và 1 nhà khoa học có tên Code Talker – người đã bị Skull Face ép phải làm 1 loại ký sinh trùng dây thanh quản, có khả năng lây nhiễm và giết những người nói một ngôn ngữ cụ thể nào đó. Cuối cùng họ cũng đã tìm ra Skull Face và trả được thù. Diamond Dogs sau đó vẫn tiếp tục hoạt động, Eli thì bỏ trốn khỏi Diamond Dogs với một chiếc Metal Gear khổng lồ, 1 cuộc bùng nổ dịch bệnh của 1 chủng đột biến của loại ký sinh trùng dây thanh quản tại căn cứ, đã buộc Snake phải giết chết chính những người chiến sĩ của mình để ngăn chặn lây lan. Huey được cho là đã thả chủng đột biến đó ra ngoài và đã bị đẩy đi lưu vong, còn Quiet thì đã bị bắt và khi nhiệm vụ giải cứu cô thất bại, lần đầu tiên cô đã cất giọng nói nên để gọi trực thăng đến giải cứu cho Snake. Những điều này đồng thời cũng kích hoạt con ký sinh trùng trong thanh quản và qua đó dẫn đến cái chết của cô. Và có lẽ chi tiết bất ngờ nhất trong lịch sử của Metal Gear, chính là việc Big Boss trên thực tế lại không phải là nhân vật chính của Metal Gear Solid V: The Phantom Pain mà lại là một cán bộ quân y của MSF và là một trong số những chiến binh thân cận nhất của ông.

Thông qua phẫu thuật thẩm mỹ và thuật thôi miên, người này đã được biến đổi ngoại hình cũng như tính cách thành giống hệt Big Boss. Trong khi đó Big Boss thực sự lại chính là Ishmael ở đầu game đã bỏ rơi Miller và  bắt đầu lập kế hoạch đối phó với Cipher. Big Boss giả sau đó đã xây dựng nên Outer Heaven.